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BioMarker Analysis ～3つのBioinfomatics解析サービス～
カルナバイオサイエンスはオランダ Oncolines社によるヒト腫瘍細胞株を用いた化合物受託解析サービスを提供しております。Oncolines社で独自に構築された各種データベースと卓越した解析技術により、がん創薬に有用な解析結果をお届けいたします。
Biomarker Analysisサービスでは、Oncolines™ ヒト腫瘍細胞株増殖アッセイから得られたお客様化合物の評価結果を活用し追加実験を行うことなく薬物感受性マーカー探索や化合物の特性の見極めに有用な3種類の解析データを提供いたします。数値情報に加えて図による解析結果を得ることで直感的にも化合物の特性理解を深めることが出来ます。
本サービスご利用にはOncolines™ ヒト腫瘍細胞株増殖アッセイ102種細胞株フルパネルでの化合物評価結果を活用されることをお勧め致します。
試験結果はInteractive Report（HTML形式）またはPDFファイルにてお届け致します。
納期：約6週間 （Oncolines含む）
OncolinesProfiler™ 既存薬剤との類似性解析（本解析のみでの単独ご利用可）
お客様化合物の標的の特定や確認に活用頂ける解析サービスです。増殖アッセイ評価結果を用いた広範囲のがん治療薬のクラスター解析から生化学的作用機序（MOA）における類似性や相違性を明らかにすることが出来ます。
- 増殖アッセイ試験から算出されたお客様化合物のIC50値を用いて、お客様化合物とOncolines社で評価済みの248薬剤のプロファイルを対照解析
- クラスター化された対照データベースとの比較解析にて最類似薬剤を同定
- グラフィックなネットワークツリー等可視化された解析結果をお届けします
- 対照データベースは
- Oncolines™ で評価された再現性の高い248薬剤の結果データ。評価薬剤には、様々なモダリティと多様なターゲットを含む承認済みもしくは臨床試験中、または開発中の、低分子阻害剤、モノクローナル抗体、抗体薬物複合体（ADC)、タンパク質分解誘導薬(degraders)等のがん治療薬が含まれます。
Case Study: Comparison of the antibody-drug conjugate Kadcyla® to other HER2 inhibitors
参考文献：Cell Panel Profiling Reveals Conserved Therapeutic Clusters and Differentiates the Mechanism of Action of Different PI3K/mTOR, Aurora Kinase and EZH2 Inhibitors
解析データサンプル
Clustering
類似する化合物群をクラスタリング、お客様の化合物がどの群に属するかを可視化
Network tree
Correlation matrix
Tissue Sensitivity Analysis 細胞株の由来がん組織で見る薬剤感受性解析
プレシジョン・メディシン（精密医療）実現を目指すアプローチでは、癌の系統を考慮に入れる必要があります。 組織感受性解析では抗がん剤または薬剤候補がどの特定のがん組織タイプで特異的な活性を示すかを解析します。適応疾患の注釈は、Cellosaurus databaseに準拠（Bairoch、A.、2018）。 関連する組織タイプは、Oncotree分類に従って階層的に編成されています。
- お客様の化合物がどのがん組織タイプで高い活性を示すかを解析
- グラフィックなボックスプロットで可視化された解析結果をお届け致します
解析データサンプル
Tissue-based boxplot
Tissue-based boxplot上で神経芽細胞腫細胞株増殖の強い阻害を示すCDK4/6阻害剤 ribociclib（Oncolines™ ヒト腫瘍細胞株増殖アッセイIC50値）
Gene Mutation Analysis 遺伝子変異で見る薬剤感受性解析
遺伝子変異解析は化合物の患者層別化マーカーの同定に役立てて頂ける解析です。臨床的に関連のあるバイオマーカーの特定を目的とし、がん患者で観察されている変異に対しての薬剤の感受性を解析します。
- お客様の化合物がどの遺伝子変異に対して感受性を示すかを解析。プロットされた解析結果はバイオマーカーの同定に役立てて頂けます
- ご要望に沿ってご興味のある遺伝子を追加頂けます
- バイオマーカーはANOVA分析（analysis of variance)、t-testを用いて同定
- 遺伝子との関連結果はノックアウト試験、タンパク質発現分析など他のアッセイを用いて検証することが可能
解析データサンプル
Volcano Plot
plC50 value Waterfall Plot
赤：V600E変異発現細胞株 青：V600E変異を持たない細胞株を"wild-type"
- Oncolines B.V. (旧 Netherlands Translational Research Center B.V., NTRC) について
- Oncolines B.V.はオランダ・Oss市にある中核的研究施設内の拠点から、オンコロジーおよびがん免疫療法分野において開発薬剤/医薬品候補の差別化を追求する世界中の製薬・バイオテック企業へ精密医療サービスを提供する企業です。データ解析等で卓越した専門技術を備えたエキスパートで構成されており、薬剤の特徴、活性、選択性の見極め、他の薬剤との差別化を質の高い一連のサービスでサポート致します。同社は2011年の創設後2021年にNetherlands Translational Research Center B.V. (NTRC)からのスピンオフを経て2023年よりSymeres Netherlands B.V.のdaughter companyとなりました。
- https://www.oncolines.com/
